办公室
机构负责人 徐晓林
联系电话 0571-81052079
负责机关日常运转、文秘、信息、政务公开、信访、会务、机要、保密、档案、后勤、资产管理等工作。承担人大建议政协提案、专项重点工作督查和领导重要批示件督办工作。组织起草综合性材料。
法规与财务审计处
机构负责人 倪梅娟
联系电话 0571-81052138
组织起草海洋经济、海洋港口、海洋渔业等地方性法规、政府规章草案。承担行政合法性审核工作。承担行政复议、行政应诉等相关工作。承担机关财务管理，指导直属单位财务管理。承担机关和直属单位的内部审计工作。组织实施行业专项资金审计。
发展规划处
机构负责人 陈觅
联系电话 0571-81052101
组织拟订和实施海洋经济发展战略和政策措施。组织编制和实施海洋经济发展规划和海洋强省建设重大项目年度计划。承担海洋经济发展专项资金管理、使用和评估工作，提出年度资金安排计划建议。指导舟山群岛新区和宁波、温州海洋经济发展示范区建设。承担海洋经济运行综合监测、调查评估、统计核算和信息发布。承担省海洋强省建设领导小组办公室日常工作。
海洋港口处
机构负责人 陈尚新
联系电话 0571-81052144
组织拟订和实施世界一流强港建设重大战略和政策措施。组织编制和实施海洋港口中长期发展规划、海洋港口布局规划、海洋港口建设规划和年度计划。组织编制和实施宁波舟山港总体规划及其专项规划，指导、审核其他海洋港口总体规划、专项规划和重要港区控制性详细规划。承担统筹管理海洋港口岸线资源，承担海洋港口岸线综合管理，按权限审核、审批海洋港口岸线使用。承担全省海洋港口一体化发展和宁波舟山港一体化管理具体工作。承担省建设世界一流强港领导小组（宁波舟山港管理委员会）办公室日常工作。
投资管理处
机构负责人 曹玉泉
联系电话 0571-81052135
承担海洋港口建设项目投资管理，推进海洋港口重大建设项目立项工作，按权限审核、审批、核准、备案海洋港口建设项目。承担海洋港口专项资金管理，拟订并实施沿海港口公共基础设施资金保障政策，协调推进重大项目建设。指导地方海洋港口管理部门项目投资管理工作。
海洋产业与科技处
机构负责人 江建能
联系电话 0571-81052142
组织编制和实施海洋产业发展规划和产业布局，提出利用海洋资源促进海洋产业发展的意见。组织编制和实施海洋新兴产业规划、海洋产业项目建设规划，组织开展海洋产业培育工作。组织编制和实施海洋科技发展规划。组织实施海洋科技重大工程、项目及创新能力建设，组织实施海洋高新技术和应用技术研究，科技成果转化和推广应用。指导推进智慧海洋工程建设。
海洋渔业处
机构负责人 施杭城
联系电话 0571-81052086
组织拟订和实施海洋渔业发展政策，编制和实施海洋渔业发展规划。保护和合理开发利用海洋渔业资源，指导海洋水产健康养殖和水产品加工流通。组织实施海洋水产品质量安全监督管理工作，指导海洋水产品禁止生产养殖区域划定工作。组织海洋水生动植物病害防控，组织海洋渔业水域生态环境和海洋水生野生生物保护。监督管理海洋捕捞业、海洋水产养殖业和远洋渔业，监督实施禁渔期(区)制度。组织实施海洋渔港建设。
安全处(挂省渔政渔港监督管理局牌子)
机构负责人 顾宏飞
联系电话 0571-81052150
指导和监督职权范围内的安全生产、应急管理、维稳安保、反恐怖和反走私等工作，参与海上应急救援。承担海洋渔业安全生产监督管理和综合治理，承担海洋渔港安全监督管理。承担海洋渔业安全生产事故调查和渔事纠纷处理工作。参与渔船涉外事件处理。组织实施海洋渔业捕捞许可制度，组织实施海洋渔船、渔港和渔业船员的监督管理。组织实施双多边渔业条约和协定。指导渔业互助保险。
人事处
机构负责人 韩芳
联系电话 0571-81052097
承担机关和直属单位的干部人事管理、机构编制等工作。承担海洋经济、海洋港口和海洋渔业人才队伍建设。承担退休干部服务管理工作。
直属机关党委
机构负责人 韩芳
联系电话 0571-81052097
负责机关和直属事业单位党的建设和纪检工作，领导机关群团组织的工作。直属机关党委设立直属机关纪委，承担机关及直属单位纪检、党风廉政建设有关工作。